Archive for June, 2011

Se hace público el genoma completo de la E. coli O104:H4 alemana

Sunday, June 19th, 2011

La compañía BGI (Instituto de Genómica de Pekín) junto a colaboradores del Centro Médico de la Universidad de Hamburgo – Eppendorf han hecho público el primer mapa completo del genoma y plásmidos de la E. coli O104:H4, responsable del brote epidémico en Alemania.

Esta versión final del genoma de la E. coli O104:H4 nos muestra un cromosoma circular de 5,278 Kpb (más de cinco mil millones de pares de base) junto a tres plásmidos adicionales de 88, 75 y 1.5Kpb. El cromosoma circular presenta al menos unos 5,000 genes putativos, cubriendo casi el 90% de todo el genoma. El plásmido más grande (88Kpb) es similar al encontrado en otras cepas de E. coli de caballos, el cual porta una gran variedad de genes de resistencia. Por otro lado, el plásmido más pequeño, al cual llamaron “plásmido egoísta”, sólo porta dos genes los cuales codifican para una ADN polimerasa y una proteína de adherencia conocida como  fimbrias, que es la responsable de la virulencia de la bacteria.

Por otro lado, los investigadores de BGI encontraron que los genes que codifican para la toxina Shiga, principal responsable de los severos síntomas de la infección, es codificado por el ADN de un fago que se integró en el genoma de E. coli (profago). También se identificaron muchos puntos de inserción en el genoma de la bacteria, lo que indicaría que la adquisición de genes de resistencia y virulencia se da a través de la transferencia horizontal de genes (conjugación, transformación o transducción).

Estos resultados, sumados a los estudios filogenéticos hechos anteriormente dan indicios del origen de esta mortal cepa. Ahora los investigadores tienen la certeza de que la E. coli pertenece a una cepa enteroagregativa (ECEA), la cual se caracteriza por aglutinarse en la mucosa intestinal, gracias a sus fimbrias, causando daño en el tejido epitelial intestinal y provocando graves diarreas. Además, posee la toxina Shiga que fue adquirida gracias a la integración de un fago. Es debido a esto que inicialmente se consideró a este brote de E. coli como enterohemorrágico. Como podemos ver, esta bacteria, más que una nueva cepa de E. coli puede ser considerada como un híbrido conocido como ECEApTS (E. coli enteroagregativa productora de la toxina Shiga).

BGI, consiente de la situación de preocupación actual, ha hecho de dominio público la secuencia completa de esta cepa (DOI: 10.5524/100001), en cuyo portal se está recolectando más evidencia genética proporcionada por otros laboratorios que están estudiando a la bacteria de manera independiente.


Premiada la labor del Instituto Internacional de Investigación del Arroz (IRRI)

Sunday, June 19th, 2011

El Instituto Internacional de Investigación del Arroz (IRRI) recibió el pasado miércoles, el Premio Fundación BBVA – Fronteras del Conocimiento, en la categoría de Cooperación al Desarrollo por su contribución a la reducción la pobreza y el hambre en el mundo a través de sus investigaciones relacionadas con el arroz.

El arroz, una fuente de lucha contra el hambre

Creado en 1960, el IRRI es un centro de investigación y formación agraria sin ánimo de lucro situado en Filipinas. Actualmente, colabora con numerosas instituciones internacionales relacionadas con el ámbito agrario y otras organizaciones sin ánimo de lucro, como la Fundación Gates.

Aunque para muchos sea una entidad prácticamente desconocida, su trabajo diario contribuye a mejorar las condiciones de vida de gran parte de la población más desfavorecida, ya que gracias a sus investigaciones han sido capaces de obtener nuevas variedades de arroz más eficientes y sostenibles.

En las últimas cinco décadas, el papel de la organización ha resultado clave para aumentar la producción de este producto, especialmente en el continente asiático.

Entre sus avances más relevantes se encuentra el desarrollo del famoso arroz dorado, un clase de arroz con alto contenido en betacaroteno y que se espera que mejore la salud de millones de personas en países subdesarrollados. El IRRI está desarrollando distintas variedades de este tipo de planta para su cultivo en diferentes zonas.

Sin embargo, su esencia va más allá y es que todo el conocimiento y los avances que generan no deben quedarse encerrados entre las cuatro paredes del centro, sino que están destinados a traspasar fronteras. De este modo, el IRRI pone al alcance del agricultor las herramientas y técnicas necesarias para pasar a la práctica, formando en paralelo a nuevos científicos que continúen la labor en el futuro.

Además, el IRRI ya es una entidad única, ya que ha creado el International Rice Genebank, el mayor banco mundial de arroz. Una fuente contra la pérdida de biodiversidad que a día de hoy cuenta con más de 100 000 variedades distintas de la planta y que permite la investigación de nuevas variedades biotecnológicas con las que intentar minimizar las condiciones adversas que puedan darse en el cultivo de la planta.

Ampliar información en:  Cultura Biotec

 

 

Brote alemán de e-coli es un híbrido asesino

Saturday, June 4th, 2011

El brote de intoxicación alimentaria en Alemania, que hasta ahora ha afectado a más de 1500 personas y mató a 18, implica un nuevo tipo de bacteria Escherichia coli nunca visto previamente. Los investigadores en Münster (Alemania) anunciaron que la nueva E. coli es un híbrido de otros dos tipos que causan enfermedades.

Ahora el plan es ver si el genoma híbrido es lo que hace que esta cepa sea tan agresiva. También están intentando la creación de un kit de prueba personalizada para los laboratorios médicos, para saber si se ha diseminado más ampliamente, y posiblemente, donde se originó.

El brote hasta ahora parece estar limitado a Alemania. La gente ha estado enferma en lugares tan distantes como  EE.UU. y el Reino Unido, y una persona en Suecia ha muerto, pero todos habían visitado recientemente Alemania. Muchos dicen que han comido recientemente tomates crudos, pepinos y verduras para ensalada.

¿Por qué tan virulento?

Las bacterias fueron identificadas inicialmente como una cepa de E. coli  llamada STEC, (Shiga-like toxin-producing E. coli), que secreta toxinas que causan diarrea con sangre. Normalmente, alrededor del 5 al 10 por ciento de las infecciones STEC progresó a una grave complicación llamada síndrome hemolítico-urémico (SHU), con coágulos de sangre inducidos por la toxina en los órganos capilares causando daños importantes, especialmente en los riñones.

Las infecciones en el brote actual parecen ser más virulentas, sin embargo, el Instituto Robert Koch en Berlín, centro federal de Alemania para control de enfermedades,  informa de que 470 pacientes – casi un tercio de los 1500 casos conocidos en el brote actual –  han desarrollado SUH. Dicho esto, una mayor virulencia no puede ser el único factor en juego: las diferencias en cómo se definen los casos también pueden ser responsables de la tasa aparentemente alta de síndrome urémico hemolítico.

El laboratorio alemán nacional consultor de SHU en el Hospital de la Universidad de Münster  anunció que había secuenciado el genoma del brote de bacterias y, además de los genes de STEC, se encontraron genes de otra especie de E. coli llamada entero-agregativa E. coli . Estas bacterias normalmente se adhieren a la pared del intestino, causando diarrea acuosa, persistente. Mientras STEC acecha sobre todo en los intestinos del ganado vacuno, entero-agregativa E. coli sólo se conoce en los humanos.

“La rápida secuenciación del genoma  permitió descubrir a los pocos días una combinación única de rasgos de virulencia”, dice Alexander Mellmann , uno de los investigadores en Münster. El equipo planea estudiar si esto ha causado un verdadero aumento en la virulencia en el híbrido.

Paul Wigley , un especialista en  bacterias intestinales en la Universidad de Liverpool (Reino Unido), indica que con la agregación de entero-agregativa E. coli son “más duras” que otras E. coli, ya que pueden agruparse para resistir las tensiones. Así que una cepa de  entero-agregativa E. coli con los genes de  toxina tipo Shiga bien podría ser más virulenta que la STEC ordinaria.

Equipo de prueba

A principios de esta semana el equipo de Münster ha distribuido una prueba para el nuevo híbrido de E. coli, que permite que los médicos en los hospitales alemanes, que están abrumados por los casos de diarrea,  identificar a las personas con la infección. La prueba, llamada PCR múltiple, detecta secuencias de ADN de cuatro de los genes de la bacteria, y “analiza no sólo muestras de la gente, sino también, por ejemplo,  de los alimentos”, dice Helge Karch , jefe del laboratorio de SHU en Münster .

La compañía que fabricó la máquina de secuenciación del equipo empleado en Münster , Life Technologies de Carlsbad, California (EE.UU.), tiene planes para utilizar la secuencia completa del genoma para crear una prueba que sea aún más específica para esta cepa híbrida.

El descubrimiento pone de relieve las limitaciones en las pruebas para E. coli que ya han llevado al desastre económico a los agricultores de España. A principios del brote las autoridades alemanas revelaron que habían encontrado STEC en los pepinos importados de España. Se reportó el hallazgo , como las normas de la Unión Europea requieren para cualquier descubrimiento de STEC, desatando una ola de prohibiciones de productos españoles. El miércoles, las autoridades alemanas anunciaron que el STEC que habían encontrado  no era el mismo que el que causó el brote.

Fuente: NewScientist Healt

Ampliar información en:

Escherichia coli y la crisis del pepino

- FAQs sobre la mal llamada bacteria de los pepinos españoles

Así mata E. coli O104:H4, la “bacteria del pepino”

- La OMS dice que la variante letal del ‘E.coli’ “nunca antes se ha visto

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